建院二十年医院从小门诊发展至三甲医院病床千张
广东省第二中医院作为广东省中医研究所的附属医院建院于1993年12月。建院初期，医院开放床位仅160张。经过二十年的发展与建设，医院已成为成为开放床位1000多张的三级甲等中医医院。现医院除了恒福路总院，还外设一座分院区和四个门诊部，临床科室20多个，年门诊量过百万，年住院病人近三万。
医院注重发挥中医药特色优势，传承中医药理论和方法，形成了特色鲜明、疗效显著的专病专科30多个。现有国家级、省级重点专科及学科20多个，包括1个卫生部重点专科建设项目，6个国家重点专科建设或培育项目，3个国家级重点学科建设单位或培育项目，5个省重点专科建设单位。其中中医心病学、针灸康复学及中医药工程技术学已被评为国家级重点学科。心血管科、脑病科、骨伤科、肿瘤科、护理及临床药学等7个专科被评为国家级重点专科。脾胃病、呼吸、内分泌、妇科、外科等为省级重点专科（专病）。
依靠科技创新主攻项目“中药配方颗粒”获国家科技进步奖
1993年，广东省中医研究所在国内同行业中率先提出并实施了以研究所为“主体”、医院和企业为“两翼”的“一体两翼”发展模式，使三者形成了有机结合的整体，改变了以往科研、医疗和生产脱节、成果转化率低的状况，真正实现了科医工贸一体化的探索道路。
自1993年起，研究团队一直从事中药配方颗粒的研制、开发、生产、推广和应用工作，承担了相关科研项目百余项，经过近20年的发展，已形成中药配方颗粒制备工艺、质量评价、药效及安全性评价、临床等效性评价、产业化关键技术等5个稳定的研究方向，对723种中药配方颗粒开展了系统深入的研究工作，取得显著成绩，获得专利10项，出版专著4本，发表相关论文186篇，获得局级以上成果奖16项，其中国家科技进步二等奖1项，广东省科学技术一等奖1项、二等奖4项、三等奖3项，培养专业人才200多名，研究成果居国际先进水平。
广东省第二中医院（广东省中医药工程技术研究院）在不断提高医疗质量和水平的同时，高度重视科研工作，以“中药配方颗粒”为科研主攻项目，用了20年的时间，成功打造了一条以中药配方颗粒为载体的现代中药产业技术链，建造了一个从传统中药饮片向现代中药标准化、产业化、国际化发展的质量、技术、商业、信息平台，形成自主知识产权和核心竞争力。
整合资源组建“广东省中医药工程技术研究院”
为了进一步推动医疗和科研的全面发展，依靠科技创新促进医院整体实力提高和可持续发展，2011年省委决定整合广东省中医研究所、广东省第二中医院、广东省中医研究所附属中药实验基地组建广东省第二中医院（广东省中医药工程技术研究院）。广东省中医研究所、广东省第二中医院正式升级为广东省第二中医院（广东省中医药工程技术研究院）。
2013年12月9日，适逢广东省第二中医院（广东省中医药工程技术研究院）建院20周年之时，举行了“广东省中医药工程技术研究院”揭牌仪式。
广东省中医药工程技术研究院将开展以中医药特色为主导的多学科间的相互交叉、相互吸收、相互融合的研究与探索，依照现代医药的规范化研究方法，在前期研究工作的基础上，综合采用先进的科学技术，在中药配方颗粒制备工艺、质量评价、药效及安全性评价、临床等效性评价、产业化关键技术等5个方向开展系统深入的研究，逐步解决中药配方颗粒产业化过程中存在的共性关键技术问题，构筑中医药工程学技术支撑平台和技术服务平台，建立国内一流的高层次中医药人才教育培养基地。
